Keimzelle der Orient-Abteilung ist die im Jahr 1955 gegründete Abteilung Baghdad des Deutschen Archäologischen Instituts, die nicht allein den Namen der irakischen Hauptstadt trug, sondern auch dort ihren Sitz hatte. In ihr fanden frühere Planungen zu einer institutionalisierten deutschen archäologischen Forschungsstelle in Baghdad ihren Abschluss, die seit den 1930er Jahren verhandelt wurden.

Im Jahr 1996 fasste das Deutsche Archäologische Institut alle Forschungsprojekte im Vorderen Orient in der Orient-Abteilung zusammen. Die Orient-Abteilung wurde somit eine eigene Forschungseinheit, die neben der Abteilung Baghdad auch die Forschungsstationen in Sanaa (aktiv seit 1978) und in Damaskus (aktiv seit 1980) als Außenstellen in ihre Strukturen aufnahm. Die Orient-Abteilung ist in Berlin, in enger Nachbarschaft zur Zentrale des DAI, angesiedelt. Die Außenstellen haben ihren Sitz in den genannten Städten und Arbeitsräume in Berlin. Seit 2007 unterhält die Außenstelle Damaskus eine Forschungsstelle am Deutschen Evangelischen Institut für Altertumswissenschaft des Heiligen Landes (DEI) in Amman.

Das Forschungsinteresse der Orient-Abteilung umfasst heute die Regionen südlich der Türkei und westlich des Iran (Irak, Syrien, Libanon, Jordanien) sowie die gesamte Arabische Halbinsel (Saudi-Arabien, Jemen, Katar, Vereinigte Arabische Emirate). Mit Themen, die inhaltlich eng mit diesem Gebiet verknüpft sind, werden auch Projekte in Ostafrika (Äthiopien) durchgeführt. Hinzu kommt eine enge Zusammenarbeit mit der Abteilung Istanbul des DAI bei der Erforschung des Göbekli Tepe in der Südosttürkei. 

Die langjährige Forschung an großen und historisch bedeutsamen Stätten ist seit jeher ein Schwerpunkt der verschiedenen Arbeitsbereiche. Archäologische Untersuchungen in Baalbek, Babylon, Gadara-Umm Qays, Marib, Palmyra, Sirwah, Uruk, Yeha legen hiervon Zeugnis ab. Sowohl an diesen großen Stätten als auch in vielen kleineren Fundorten wird heute in kürzeren, thematisch fokussierten Forschungseinheiten gearbeitet. Zudem werden mittels übergeordneter Fragestellungen über das gesamte Arbeitsgebiet der Abteilung hinweg großräumige historische, ökonomische, soziale und naturräumliche Veränderungen verfolgt.