Das Deutsche Archäologische Institut ist heute eine Bundesanstalt im Geschäftsbereich des Auswärtigen Amtes. Etwa 120 Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler sind beim Institut tätig.

Das Institut wird von einem Präsidenten geleitet, der nach Maßgabe der Satzung an die Beschlüsse der Zentraldirektion gebunden ist. Der Präsident wird durch einen Generalsekretär vertreten, der ihn insbesondere in wissenschaftsorganisatorischen und wissenschaftspolitischen Aufgaben entlastet.

Die einzelnen Zweiganstalten (Abteilungen und Kommissionen) werden von Direktorinnen und Direktoren geleitet. Diese bilden zusammen mit Präsident und Generalsekretär das Direktorium, dessen Aufgaben durch die Satzung festgelegt sind.

Am 1. Januar 2005 trat eine Neufassung der Satzung des Deutschen Archäologischen Instituts in Kraft. Dies zog eine Neufassung der Satzungen der drei Kommissionen des Instituts nach sich. Die Neufassungen der drei Kommissionssatzungen sind seit dem 7. März 2006 gültig.

Die aus 18 Mitgliedern bestehende Zentraldirektion, der Aufsichtsrat des Instituts, setzt sich aus Vertretern verschiedener archäologischer und altertumskundlicher Fächer zusammen, die überwiegend als Professoren an Universitäten der deutschen Bundesländer tätig sind, ferner gehört ihr der Leiter der Kulturabteilung des Auswärtigen Amtes an. Den Vorsitz führt der Präsident des Instituts. Die Aufgaben der Zentraldirektion sind durch die Satzung festgelegt.

Die Vergabe von Stipendien durch die Zentraldirektion wird durch einen Stipendienausschuss vorbereitet. Die Arbeit des Stipendienausschusses sowie Einzelheiten zu Evaluierungen, Abteilungs- bzw. Kommissionskonferenzen und Abstimmungen sind durch die Geschäftsordnung definiert.

Für die Bereiche Profilbildung in der Forschung, nationale und internationale Vernetzung, Qualitätssicherung, Personalstruktur, wissenschaftliche Dienstleistungsaufgaben, Nachwuchsförderung und Zusammenarbeit mit dem Auswärtigen Amt hat das Institut Zielvorstellungen entwickelt und diese in einer Zielvereinbarung zwischen dem Präsidenten und dem Direktorium festgelegt.

Die Grundlage der wissenschaftlichen Arbeit der einzelnen Zweiganstalten des Instituts bildet ein Forschungsplan, der die strategischen Entscheidungen zur Schärfung und Weiterentwicklung des Forschungsprofils der einzelnen Abteilungen/Kommissionen wie des Gesamtinstituts beschreibt und begründet.

Aus den Forschungsplänen der Abteilungen/Kommissionen sind übergreifende Forschungsfragen entwickelt worden, sog. Forschungscluster. Diese sollen die wissenschaftliche Arbeit der einzelnen Zweiganstalten des Instituts stärker verknüpfen und auch mit der Arbeit anderer Einrichtungen vernetzen. Die Forschungscluster greifen aktuelle Fragen auf, sind multi- und interdisziplinär ausgerichtet und sollen über das Institut hinaus in die Altertumswissenschaft hineinwirken.

Für die Betreuung und Beratung der Restaurierungsprojekte von Denkmälern im Bereich der DAI Grabungen wurde auf der Zentraldirektionssitzung im Mai 2006 ein Baudenkmalauschuss eingesetzt.