Baalbek spielte auch in nachantiker Zeit und bis heute eine Rolle als regionales Zentrum. Trotz vieler politischer und Naturkatastrophen wurde der Ort nie verlassen, sondern ständig umgebaut und neuen Nutzungskonzepten angepasst. In allen archäologischen Bereichen gibt es daher vielfältige Reste aus dieser Zeit, die dokumentiert und ausgewertet wurden.

Innerhalb des interdisziplinären Baalbek-Projekts entstand eine Dissertation zur nachantiken Stadtentwicklung von Baalbek. Sie verfolgt das Ziel, für den untersuchten Zeitraum von ca. 1500 Jahren urbane Transformationsprozesse zu erfassen und diese im Kontext gesellschaftlicher Veränderungen und historischer Ereignisse zu betrachten sowie Initiale und Motoren der Stadtentwicklung zu erkennen und deren Einfluss auf die Ausprägung der Stadt in den jeweiligen Epochen zu verstehen. Den Kern der Arbeit bilden Bauaufnahmen, die zwischen 2004 und 2011 in Baalbek durchgeführt wurden.

In allen nachantiken Epochen ist ein ökonomischer Umgang mit der Bausubstanz der vorangegangenen Epochen zu beobachten und, wenn möglich, wurden bestehende Bauten in neue Bauvorhaben einbezogen, wie sich beispielhaft am Ausbau des römischen Jupiterheiligtums zur Zitadelle ablesen lässt.

Initial oder unmittelbar auslösende Faktoren für einen Stadtumbau waren oft katastrophale Ereignisse. So gingen dem Neubau der Stadtmauer im 12. Jh. schwere Erdbeben voraus. Ein Teil des mittelalterlichen Stadtviertels im Bustan Nassif wurde wiederum im Zuge des Wiederaufbaus der Stadt nach der Mongoleninvasion im 13. Jh. umgestaltet.