Das Jupiterheiligtum ist der größte Bau in Baalbek und in seiner gesamten Anlage eine der größten sakralen Anlagen der römischen Welt. Seine herausragenden Merkmale sind die Monumantalität seiner Bauglieder einerseits – die Säulen des Tempels sind fast 20 m hoch, das sogenannte Trilithon an der Rückseite des Podiums besteht aus drei Steinen von jeweils ca. 20 m Länge – und der filigrane Reichtum seines Bauschmucks andererseits. Die Gliederung in die vier Komplexe Jupitertempel, Altarhof, Hexagonalhof und Propyläen ist nicht nur inhaltlich, sondern auch zeitlich bestimmbar. Gleichzeitig gibt es eine Trennung zwischen der unteren Ebene der ebenerdigen Substruktionen, und der getrennt davon angelegten Ebene im oberen Geschoß, der eigentlichen sakralen Aktionsfläche, die ihrerseits wieder den Aufstige auf Altartürme und in die oberen Bereiche der Hallen ermöglichte. Durch die Abgrenzung mittels der Hallenbauten war das Geschehen im Heiligtum fast völlig von der Umgebung isoliert.
Das Heiligtum ist fast nur über seine archäologische Präsenz zu fassen, schriftliche oder bildliche antike Zeugnisse sind kaum überliefert. Diese Diskrepanz zählt zu einem der großen Mysterien von Baalbek, das Raum für viele Legenden liefert. Die sechs heute noch stehenden Säulen des Jupitertempels sind ein Wahrzeichen der Republik Libanon.