In der Arbeitsgruppe Prähistorische Anthropologie/Paläopathologie werden seit 2008 menschliche Knochen aus archäologischen Grabungen untersucht. Durch die direkte Einbindung in die neuesten Ausgrabungen des Institutes weltweit steht der anthropologischen Forschung eine einzigartige Vielfalt an Material zur Verfügung. Die Untersuchungen umfassen physisch anthropologische, osteologische und besonders paläopathologische Methoden und beantworten Fragen unter anderem zu demographischen Entwicklungen, Bestattungssitten sowie zur Entstehung und Verbreitung von Erkrankungen.