Siedlungsvorgänge lassen sich auf unterschiedlichen Skalenniveaus betrachten. Auf der Makroebene wird der einzelne Siedlungsplatz – jenseits seiner internen Struktur – in den größeren Kontext der Region gestellt und so die Archäologie der Besiedelung des Raums in ihrer Entstehung und ihrer
Dynamik erforscht. In dieser wesentlich landschaftsarchäologischen Perspektive wird Siedlungsgeschichte aus der Interaktion mit einer ihrerseits historischer Dynamik unterworfenen Umwelt verstanden. Weiter wird aus diesem Blickpunkt der Netzwerkcharakter von Siedlungssystemen sichtbar. Erst im Blick auf die Netzwerke wird die Entstehung komplexer, mehrschichtiger Siedlungsstrukturen als Charakteristikum des ägyptischen Siedlungsbilds seit der ausgehenden Prähistorie erkennbar. Entscheidend dafür, sich auf dieses Niveau der großräumigen Analyse begeben zu können, ist die Entwicklung der Prospektionsmethodik in jüngerer Zeit, Geophysik und Geoarchäologie, Satellitendaten und ihre Analyse in Geographischen Informationssystemen. Diesen Methodenschatz für die Ägyptische Archäologie zu nutzen, ist ein besonderes Anliegen dieses Forschungsfelds.
Genauso viel neue Information verspricht die Analyse von Siedlungsplätzen auf der Mikroebene. Hier geht es darum, die einzelnen, konkreten Lebensvorgänge, wie sie sich Tag für Tag abgespielt haben, in allem idiosynkratischen Detail zu erfassen. Erst dadurch wird die Siedlung als ein Raum menschlicher Erfahrung und menschlichen Handelns erfassbar und ein Stück konkreter, historischer Lebensrealität erschließbar.

Ritualanlagen, Heiligtümer und Gräber stehen traditionell im Zentrum der Ägyptischen Archäologie, zumal der Archäologie der pharaonischen Zeit, und in der Tat bildet das Ausmaß der Monumentalisierung sakraler Räume ein Spezifikum der pharaonischen Kultur. Über einen primär denkmälerkundlichen Ansatz hinaus erschließt eine Analyse der Praxis, die in diesen Anlagen stattgefunden hat, den Sakralen Raum als einen privilegierten Ort gesellschaftlicher Kommunikation. Diese Kommunikationsprozesse hinsichtlich der Orte und Situationen, in denen sie stattgefunden haben, der Medien, derer sie sich bedient haben, und vor allem der Inhalte der Diskurse, die hier
zur Sprache gebracht wurden, ist entscheidend dafür, Struktur und Integration, Strukturwandel und Diversität antiker Gesellschaften zu verstehen.
Die Erforschung der Kommunikationsprozesse im Sakralen Raum bezieht sich auf die Gestaltung dieses Raums, zumal durch Bauten, ebenso wie auf direkte Zeugnisse für Handlungen, die sich hier abgespielt haben. Ein privilegierter Rang kommt dabei den epigraphischen Zeugnissen zu, gerade denen der sog. „sekundären“ Epigraphie.

Ägypten, zumal das pharaonische Ägypten, wird verbreitet als monolithe Einheit gesehen. Ein Fokus auf die Kultur der Elite blendet das Moment sozialer Differenz aus; spätere Epochen dann, als Ägypten unter ethnisch-kulturell zunächst landesfremder Herrschaft stand, werden oft als nicht mehr
„eigentlich“ ägyptisch begriffen. Diese bis zu einem gewissen Grad akademisch-disziplinär zementierten Sichtweisen werden jedoch dem historischen Befund nicht gerecht. In Ägypten lebten und wirkten stets Gruppen unterschiedlicher Lebensform, Kultur und soziopolitischer Organisation
zusammen.
Diese Dialektik zwischen Vielfalt und Einheit über einen Zeitraum von durchaus sechs Jahrtausenden hinweg bildet im Vergleich zu anderen Kulturräumen eine erstaunliche Besonderheit der sozialen und kulturellen Geschichte Ägyptens, und ihr will sich das Forschungsprogramm der Abteilung vermehrt stellen.
Dabei gruppieren sich die Forschungsvorhaben um  zwei Achsen. In einem synchronen Ansatz wird untersucht, wie Gruppen unterschiedlicher Lebensform und Kultur in funktionaler Vernetzung zusammenlebten – dabei richtet sich der Blick gerade auf den ökologisch-kulturellen Gradienten zwischen der Talaue und den angrenzenden Wüstengebieten; und hier öffnet sich auch die Perspektive auf die Interaktion Ägyptens mit dem afrikanischen Kontinent. Der diachrone Ansatz hingegen fasst Vorgänge der politischen, kulturellen und ethnischen Überlagerung Ägyptens ins Auge und fragt, aufgrund welcher Rahmenparameter welche Merkmale sich als Elemente einer longue durée immer wieder herstellen, und worin andererseits die sozialen und kulturellen „Freiheitsgrade“ in der Situation Ägyptens bestehen.