Schon wenige Jahre später wurden ein alphabetischer- und einen Sachkatalog erstellt, doch fehlten für größere Erwerbungen die finanziellen Mittel, so dass der Bestand nur langsam wuchs. Dies änderte sich erst 1859 mit der Übernahme der Finanzierung des privaten Instituto durch Preußen, da man nun über einen festen Erwerbungsetat verfügte, der planmäßige Anschaffungen erlaubte. Aus dieser Zeit stammt auch der Grundstock des hervorragenden Altbestandes der römischen Bibliothek, da um 1860-1870 die antiquarischen, historischen und philologischen Werke, die seit dem 16. Jahrhundert erschienen waren, noch relativ günstig erstanden werden konnten. Im Rahmen eines von der Deutschen Forschungsgemeinschaft (DFG) geförderten Projektes konnten rund 2600 Werke dieses Altbestandes vor einigen Jahren digitalisiert werden. Sie sind über den Bibliothekskatalog iDAI.bibliography/Zenon recherchierbar und stehen open access zur Verfügung.

Das immer stärkere finanzielle Engagement Preußens, das 1871 zur Umwandlung des Instituts in eine preußische Staatsanstalt führte, aus der dann wenig später das Kaiserlich Deutsche Archäologische Institut hervorging, sicherte den Etat der Bibliothek dauerhaft. Das neue Institutsgebäude, der 1877 auf dem Kapitol eingeweihte Laspeyres-Bau, löste auch die immer dringender werdenden Platzprobleme und ermöglichte die Einrichtung eines Lesesaals.

Der Bibliotheksbestand konnte in den folgenden 38 Jahren kontinuierlich vermehrt werden und noch 1912 wurde das Jahresbudget angehoben, bis schließlich bei Eintritt Italiens in den Ersten Weltkrieg das Institut geschlossen und beschlagnahmt wurde. Die Bibliothek wurde in Kisten verpackt und in die Engelsburg transportiert. Die Frage, ob die deutschen Forschungseinrichtungen in Italien in deutsche Verwaltung zurückgegeben oder aber in italienischen Besitz überführt werden sollten, wurde kontrovers diskutiert, bis 1920 schließlich die Rückgabe an Deutschland vereinbart wurde, wobei prominente Fürsprecher wie der Philosoph, Historiker und Politiker Benedetto Croce eine wichtige Rolle spielten. Als besondere Bedingungen legte das Abkommen fest, die Bibliothek dürfe nicht aus Rom entfernt werden und sie müsse Deutschen wie Italienern gleichermaßen zur Verfügung stehen. Die Bibliothek konnte schließlich nach über 9jähriger Schließung Ende 1924 im evangelischen Gemeindehaus in der via Sardegna wiedereröffnet werden, in welchem das Institut von nun an untergebracht war. Natürlich waren während der Jahre der Schließung Erwerbungslücken entstanden, zu deren Beseitigung neben der Notgemeinschaft der Deutschen Wissenschaft und dem Börsenverein der Deutschen Buchhändler auch private Vereine beitrugen.

Im Jahre 1927 umfasste der Bestand etwa 40.000 Bände und auch in den 30er und frühen 40er Jahren konnte zunächst weiterhin kontinuierlich am Bestandsaufbau gearbeitet werden. Bis 1942 belief sich der jährliche Zuwachs relativ konstant auf rund 1350 Bände. Die Diktatur des Nationalsozialismus und der Krieg zeigten natürlich auch im römischen Institut Wirkung und so wurden jüdische Kolleginnen und Kollegen 1938 vom Bibliotheksbesuch ausgeschlossen. Der Lesesaal war zwar bis Ende 1943 noch zeitweise geöffnet, doch nachdem Rom im September von deutschen Truppen besetzt worden war, erfolgte bald darauf der Führerbefehl, das wissenschaftliche Inventar der deutschen Bibliotheken aus Italien abzutransportieren. Die Bücher des Archäologischen Instituts wurden daraufhin Anfang 1944 in 1500 Kisten verpackt und in das Salzbergwerk Alt-Aussee bei Salzburg überführt.

Die Auslagerung war indes nicht von langer Dauer, denn auch auf Druck italienischer und internationaler Fachkollegen in Rom wurden die Bibliotheksbestände schon 1945 vom amerikanischen Militär in Österreich beschlagnahmt und bald darauf nach Rom zurücktransportiert, wo bereits Ende 1947 wieder ein begrenzter Bibliotheksbetrieb in den Räumen des evangelischen Gemeindehauses möglich war. Glücklicherweise hatten die Verlagerungen kaum Verluste verursacht. Träger der wiedereröffneten Bibliothek war bis 1953 die Associazione Internazionale di Archeologia Classica (AIAC). Nachdem in den ersten Jahren intensiv über eine dauerhafte Internationalisierung diskutiert worden war, führten die veränderten politischen Verhältnisse der frühen 50er Jahre und auch die Fürsprache zahlreicher italienischer und internationaler Fachkollegen schließlich zur Rückgabe an die Bundesrepublik Deutschland. In einem agreement zwischen den Westalliierten Frankreich, Großbritannien und den USA sowie Italien und der Bundesrepublik Deutschland wurde erneut der dauerhafte Verbleib der Bibliothek in Rom festgeschrieben und des Weiteren bestimmt, dass diese Forscherinnen und Forschern aller Nationen gleichermaßen zugänglich sein müsse.

Das im März 1965 eingeweihte, neue Institutsgebäude, welches nach dem Abriss des alten Gemeindehauses an dessen Stelle in der via Sardegna errichtet worden war, besaß einen großzügigen Lesesaal mit rund 110 Plätzen und ausreichend Platz für frei zugängliche Bücherregale. Dank dieser hervorragenden Bedingungen trug die Bibliothek in den folgenden Jahrzehnten wesentlich dazu bei, das „Germanico“ wieder zu einer zentralen Institution der internationalen altertumswissenschaftlichen Forschung in Rom zu machen.

Ab 1956 wurden die Erwerbungen der Bibliothek außer im alphabetischen Katalog zusätzlich in einem neuen Realkatalog erfasst, wobei auch die Aufsätze aus Zeitschriften und Sammelwerken gesondert verzettelt und sachlich eingeordnet wurden. Im Jahre 1976 kam es zur Verschmelzung mit der bis dahin gesondert erschienenen „Archäologischen Bibliographie“, der wichtigsten Jahresbibliographie zur Klassischen Archäologie, die ab 1991 auch in elektronischer Form unter dem Namen „Dyabola“ erschien. Mit der Einführung des DAI-weiten digitalen Verbundkatalogs iDAI.bibliography/Zenon im Jahre 2004 wurden die beiden Kataloge zusammengeführt. Inzwischen ist zwar die sachliche Erschließung der Literatur aufgegeben worden, da diese in einem digitalen Katalog von wesentlich geringerer Bedeutung ist, nach wie vor werden aber jedes Jahr tausende von Aufsätzen katalogisiert, die den Katalog zu einem wissenschaftlichen Nachweisinstruments ersten Ranges machen.

Das Angebot der Bibliothek an traditionellen Printmedien wird inzwischen durch online verfügbare Publikationen ergänzt, die seit 2015 soweit möglich für allen DAI-Bibliotheken gemeinsam erworben werden, wodurch sich das thematische Spektrum an allen Standorten erweitert hat, so auch in Rom. Der Erwerb und die Katalogisierung der Online-Publikationen werden von der römischen Bibliothek aus koordiniert.

Im Zuge notwendiger Restaurierungsarbeiten am Institutsgebäude musste die Bibliothek in der via Sardegna im September 2006 geschlossen werden, ist aber seit Anfang 2010 wieder zugänglich und befindet sich derzeit am inzwischen dritten Ausweichquartier der Abteilung in der via Sicilia, welches durch ein Außenmagazin ergänzt wird. Die Rückkehr in das sanierte Institutsgebäude in der via Sardegna soll im Jahre 2023 erfolgen.