Mit der Gründung der Abteilung Baghdad des Deutschen Archäologischen Instituts im Jahr 1955 erhielt die seit 1887 aktive deutsche archäologische Forschung im Irak eine Institutionalisierung im Gastland. Die Abteilung setzte Forschungen fort, die einen ersten großen Höhepunkt in den von der Deutschen Orient-Gesellschaft in Babylon, Assur und Uruk 1898–1917 sowie den zwischen 1928–1939 in Uruk durchgeführten Projekten erreicht hatten. Der Gründungsdirektor der Abteilung Baghdad, Heinrich Lenzen, setzte vor allem die Ausgrabungen in Uruk-Warka mit Schwerpunkt auf der Architektur der späten Uruk-Zeit fort. Ergänzt wurde dies durch Nachuntersuchungen in Babylon, wo man seit 1962 erneut am berühmten Turm, der Ziqqurrat Etemenanki, arbeitete. Hinzu kamen Bauaufnahmen an der abbasidischen Madrasa al-Mustansiriya in Bagdad, einem der wenigen erhaltenen älteren islamischen Bauwerke (1227 n. Chr.). Kurze Untersuchungen in der Sasanidenhauptstadt Ktesiphon, Surveys in der westeuphratischen Region der irakischen Wüste, Ausgrabungen in Tulul al-Ukhaidir sowie Forschungen zu Felsdenkmälern aus assyrischer und parthischer Zeit im Nordirak ergänzten das Programm. In Zusammenarbeit mit der irakischen Antikenverwaltung wurden 1978/79 im Hamrin-Gebiet im Rahmen von Rettungsgrabungen Siedlungen aus kassitischer Zeit freigelegt.

Bedingt durch die politische Entwicklung im Irak – die Golfkriege 1980–1988 und 1990/91, das Handelsembargo 1990–2003, den Krieg 2003 und die bürgerkriegsähnlichen Konflikte bis 2011 – erhielt die Arbeit der Außenstelle eine stärker kulturpolitische Ausrichtung. Seit 2011 finden wieder regelmäßig Forschungsaufenthalte im Irak statt, zunächst in der Föderalen Region Kurdistan, seit 2015 auch im Südirak

1996 wurde die Abteilung Baghdad als Außenstelle der neu gegründeten Orient-Abteilung zugeordnet.