Die Abteilung Athen kooperiert mit verschiedenen Einrichtungen innerhalb Griechenlands, Deutschlands und der Welt:

Hellenic Ministry of Culture and Sport

University of Cyprus

Christian-Albrechts-Universität zu Kiel, Institut für Geowissenschaften

Johannes Gutenberg-Universität Mainz, Geographisches Institut

Österreichisches Archäologisches Institut Athen

Institute of Nanoscience and Nanotechnology, N.C.S.R. “Demokritos”

University of West Attica, Department of Conservation of Antiquities and Works of Art, School of Applied Arts and Culture

Geosystems Hellas S.A.

Leibniz-Zentrum für Archäologie

Εφορεία Αρχαιοτήτων Σάμου - Ικαρίας

Εφορεία Αρχαιοτήτων Αργολίδας

Εφορεία Αρχαιοτήτων Ηλείας

Εφορεία Αρχαιοτήτων Φθιώτιδος και Ευρυτανίας

Εφορεία Αρχαιοτήτων Πόλης Αθηνών